賃貸契約を家賃保証ありで登録しましたが、レントロールには家賃保証ありになりません。

賃貸契約を登録する際に、「基本事項」で「家賃保証」を「あり」にするだけではレントロールには反映されません。
「面積/賃料等」にて、該当項目に家賃保証のチェックをつけてください。